Sudharnoto lahir di Kendal, Jawa Tengah, pada 24 Oktober 1925. Meski lulusan Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, ia justru berkarier di dunia musik. Pasalnya, ibunya pandai main akordeon sedangkan ayahnya gemar main gitar, seruling, dan biola meskipun juga seorang dokter pribadi Mangku Negara VII di Surakarta.
Karier musiknya bermula dari mengisi siaran musik RRI bersama Orkes Hawaiian Indonesia Muda pimpinan Maladi. Kemudian sejak 1952 ia diangkat menjadi Kepala Seksi Musik RRI Jakarta. Ia juga menjadi pengisi acara khusus bertajuk “Hammond Organ Sudharnoto”.
Lagu Mars Pancasila atau kemudian menjadi Garuda Pancasila diciptakan pada 1956 bersama seorang rekan bernama Prahar. Selain Garuda Pancasila beberapa lagu Sudharnoto yang populer pada masanya antara lain Madju Sukarelawan, Asia Afrika Bersatu, dan Bangkit Wartawan AA.
Selain mencipta lagu, Sudharnoto juga melakukan penelitian musik ke berbagai daerah, antara lain Aceh, Sumatra Barat, Kalimantan, Sulawesi, dan Nusa Tenggara. Daerah yang sangat ingin ia kunjungi namun terhalang biaya adalah Papua.
Sudharnoto meninggal dunia pada 11 Januari 2000 di Jakarta. Kini lagu Garuda Pancasila ciptaannya terus dinyanyikan sebagai lagu wajib nasional.